「特定技能の在留期間が3年になったって聞いたけど、うちの外国人社員も対象になるの？」
2025年9月30日の運用要領改訂により、特定技能1号の在留期間が従来の最長1年から最長3年に拡大されました。これにより、毎年の更新手続きが最大5年間で1回に削減され、企業の事務負担と行政書士への委託費用が大幅に軽減されます。本記事では、企業の人事担当者向けに、3年在留期間の取得条件・更新手続きの変化・コスト削減効果をわかりやすく解説します。
- 2025年9月の運用要領改訂の概要と3年在留期間が認められる条件
- 企業にとってのメリットと更新手続き・コストの具体的な変化
- 通算5年上限との関係、特定技能2号への移行戦略まで徹底解説
在留期間3年化のメリットを最大限に活かし、外国人材の安定雇用を実現しましょう。
2025年9月の運用要領改訂で何が変わったのか
出入国在留管理庁は2025年9月30日付で「特定技能外国人受入れに関する運用要領」を改訂し、特定技能制度に3つの大きな変更を加えました。
変更点1：在留期間の上限が1年から3年に拡大
特定技能1号の在留期間は、改正前は「1年・6月・4月」のいずれかでしたが、改正後は「3年・1年・6月・4月」のいずれかとなりました。法務大臣が個々の外国人の状況を審査した上で在留期間を指定するため、全員が自動的に3年を取得できるわけではありませんが、条件を満たせば更新頻度を大幅に削減できます。
変更点2：通算在留期間の特例が新設
特定技能1号の通算上限は原則5年のままですが、以下の期間を通算から除外できるようになりました。
- 産前産後休業・育児休業期間：母子手帳や育児休業給付金の書類で証明
- 傷病休業期間：個人的な傷病は連続1か月超の場合に原則1年まで、業務上災害（労災）は最長3年まで除外
さらに、特定技能2号試験で不合格だが合格基準点の8割以上を取得した場合、通算在留期間を最大6年まで延長できる特例も新設されています。
変更点3：適格性書類の提出手続き簡素化
従来は在留資格変更・更新のたびに提出が必要だった「所属機関の適格性書類」（登記事項証明書、納税証明書、雇用経緯説明書等）が、年1回の定期届出の添付書類に移行されました。これにより、更新申請時の書類準備が大幅に簡素化されます。さらに、上場企業や3年以上の受入実績がある企業、過去3年間に指導勧告や改善命令を受けておらず電子申請を利用している企業は、適格性書類の提出自体を省略できます。中小企業にとっても、電子申請の活用と適切な運営実績を積むことで書類負担を軽減できるようになった点は見逃せません。
3年の在留期間が認められる条件｜企業側・外国人側の要件
3年の在留期間は全ての申請者に自動的に付与されるものではなく、法務大臣が個々の案件を審査して決定します。企業側・外国人側それぞれの要件を確認しましょう。
外国人本人に求められる要件
- 在留状況が良好であること（素行善良・法令遵守）
- 納税義務を適切に履行していること（住民税・所得税等の滞納がない）
- 届出義務を適切に履行していること（住居変更届出等）
- 通算在留期間の残余が3年以上あること（既に2年以上在留していると3年は付与されない）
受入企業に求められる要件
- 経営状況が安定していること（債務超過や赤字決算でないこと）
- 雇用契約期間が3年以上に設定されていること
- 活動予定期間を3年以上（可能であれば5年程度）に設定していること
- 過去に不正行為や改善命令を受けていないこと
- 定期届出を適切に行っていること
- 各産業分野の協議会に加入済みであること
なお、初めて特定技能外国人を受け入れる企業や受入実績が浅い企業の場合は、まず1年の在留期間が付与されるのが一般的です。受入実績を積んだ上で、次回以降の更新時に3年が認められるケースが多くなると見込まれます。また、在留資格認定証明書交付申請（海外からの新規呼び寄せ）には3年の在留期間は適用されない点にも注意が必要です。
3年が認められない場合の典型例
以下のケースでは3年の在留期間が付与されない可能性が高いため、事前に対策を講じておきましょう。
- 外国人本人の住民税・国民健康保険料・国民年金保険料に滞納がある場合
- 受入企業が定期届出を提出していない、または遅延している場合
- 雇用契約期間が1年更新のままで、3年以上の期間に設定されていない場合
- 受入企業が過去に入管から指導勧告や改善命令を受けている場合
- 外国人本人に交通違反等の法令違反歴がある場合
企業にとっての3つのメリット｜コスト削減から人材定着まで
在留期間3年化は、企業に対して更新手続きの負担軽減だけでなく、人材マネジメント全般にわたるメリットをもたらします。
メリット1：更新手続きの頻度が最大3分の1に削減
従来は最長1年ごとの更新が必要だったため、5年間で最低4回の更新手続きが発生していました。更新のたびに課税証明書・納税証明書・社会保険料の納付状況書類などを揃える必要があり、特に外国人従業員が多い企業では年間を通じて更新業務が途切れない状況でした。3年在留期間を取得できれば、5年間の更新は最少1回（3年＋2年のパターン）で済みます。書類準備・行政書士への委託・入管窓口への対応にかかる人事部門の工数が大幅に軽減されます。
メリット2：行政書士報酬と手数料の大幅削減
| 項目 | 従来（1年更新×4回） | 改正後（3年＋2年） |
|---|---|---|
| 更新回数（5年間） | 4回 | 1回 |
| 行政書士報酬合計 | 20万〜60万円 | 5万〜15万円 |
| 入管手数料合計 | 16,000円 | 4,000円 |
行政書士への委託費用は1回あたり5万〜15万円が相場ですが、更新回数が4回から1回に減ることで、5年間のトータルコストを最大75%削減できる可能性があります。2026年度中に予定されている入管手数料の大幅引き上げ（在留期間更新が3万〜4万円に増額見通し）を考慮すると、更新回数削減のメリットはさらに大きくなります。
メリット3：中長期的な人材育成・定着が可能に
在留の安定性が向上することで、外国人従業員の心理的負担が軽減されます。従来の1年更新では「来年も日本で働けるのか」という不安が常にありましたが、3年の在留期間があれば安心して業務に集中できます。3年単位での人員配置計画が立てやすくなり、OJTや多能工化など中長期的な育成計画の構築も可能になります。教育投資の回収期間が確保しやすくなるため、企業としても積極的に技能教育に取り組むインセンティブが生まれます。製造業や建設業など技能習得に時間がかかる分野では、特に大きな効果が期待できるでしょう。また、離職率の低下にもつながるため、採用コスト（海外での募集・面接・渡航費用等、1人あたり50万〜100万円程度）の削減にも寄与します。
更新手続きの変化｜従来との比較と実務のポイント
在留期間が3年に延長されても、更新手続き自体がなくなるわけではありません。従来との違いと実務上のポイントを確認します。
従来と改正後の更新手続き比較
| 項目 | 改正前 | 改正後 |
|---|---|---|
| 最長在留期間 | 1年 | 3年 |
| 5年間の最少更新回数 | 4回 | 1回 |
| 適格性書類の提出 | 更新のたびに毎回 | 年1回の定期届出に移行 |
| 利用者ID有効期間 | 1年 | 3年 |
更新申請に必要な主な書類
在留期間更新許可申請では、外国人本人側と受入企業側の双方から書類を提出します。外国人側は在留期間更新許可申請書、個人住民税の課税・納税証明書、源泉徴収票の写し、国民健康保険証の写し、国民年金保険料の領収証書等が必要です。企業側は特定技能所属機関概要書、登記事項証明書、労働保険料納入証明書、社会保険料納入状況回答票、税務署発行の納税証明書等を準備します。なお、2025年4月以降は適格性書類が定期届出に移行したため、更新時の企業側書類は従来より軽減されています。各産業分野ごとに追加書類（協議会の構成員証明書等）が必要な点にも注意してください。
更新手続きの具体的な流れと審査期間
更新申請は在留期限の3か月前から申請可能で、4か月前から準備を開始するのが理想です。出入国在留管理庁が公表している審査期間データによると、特定技能1号の更新申請は平均約1か月前後で結果が出ます（2025年第4四半期は平均24.4日）。書類不備があると1〜2か月延びるリスクがあるため、在留期限の余裕を持って申請することが重要です。万一、在留期限までに結果が出なくても、「特例期間」として期限から2か月間は合法的に就労を継続できます。ただし、特例期間中の在留カードの裏面には「許可申請中」の記載が必要なため、入管での手続きを忘れないようにしましょう。行政書士に更新手続きを依頼する場合の費用は1回あたり5万〜15万円が相場です。
3年在留期間が認められないケース
- 通算在留期間の残余が3年未満（例：既に3年在留→最長2年のみ付与可能）
- 税金・社会保険料の滞納がある場合
- 受入企業の経営状況が不安定な場合
- 雇用契約期間が3年未満の場合
- 初めて特定技能外国人を受け入れる企業の場合（まず1年が一般的）
通算5年上限との関係｜在留期間パターンと特例
特定技能1号の通算上限5年は変更されていません。3年在留期間との関係を正しく理解しておきましょう。
在留期間の組み合わせパターン
| パターン | 内訳 | 更新回数 |
|---|---|---|
| パターンA（最少） | 3年 + 2年 | 1回 |
| パターンB | 1年 + 1年 + 3年 | 2回 |
| パターンC | 1年 + 3年 + 1年 | 2回 |
| パターンD（従来型） | 1年 × 5 | 4回 |
重要なのは、通算在留期間の残余が3年未満の場合、3年の在留期間は付与されないという点です。例えば既に3年在留している外国人は最長2年までしか取得できません。通算在留期間には、転職活動中の失業期間、在留資格変更・更新審査中の待機期間、一時帰国期間も含まれるため注意が必要です。通算在留期間の正確な確認は、出入国在留管理庁への「保有個人情報開示請求」（手数料300円、処理期間約1か月）で行えます。3年在留期間を活用するにはなるべく早い段階で条件を整えることが重要です。
年次定期届出制度（2025年4月開始）との関係
2025年4月から、従来の四半期ごとの届出（年4回）が年1回に統一されました。届出対象期間は4月1日〜翌年3月31日で、翌年4月1日〜5月31日が提出期限です。初回の届出は2026年4月〜5月に2025年度分を提出することになります。
届出内容は新様式「参考様式第3-6号」で、外国人の報告対象人数、月間平均労働時間、月間平均支給額、年間の給与総支給額、昇給率、支援実施状況などを報告します。届出主体も所属機関に一本化され、登録支援機関が別途届出する必要はなくなりました。
この定期届出を適切に行っていることが、3年の在留期間を取得するための重要な条件の一つです。届出を怠ると、次回の更新申請時に3年の在留期間が認められなくなるだけでなく、最悪の場合は受入企業としての適格性が否定される可能性もあります。なお、特定技能外国人の同意がある場合、定期面談をオンラインで実施できるようになった点も実務上の大きな改善です。
特定技能2号への移行を見据えたキャリアパス設計
在留期間3年化は、特定技能2号への移行を見据えた中長期的なキャリアパス設計にも大きな影響を与えます。2023年6月の閣議決定により、特定技能2号の対象分野は従来の2分野（建設・造船）から全16分野に拡大されました。これにより、ほぼすべての特定技能1号外国人が2号への移行を目指せるようになっています。
特定技能1号と2号の主な違い
| 項目 | 特定技能1号 | 特定技能2号 |
|---|---|---|
| 在留期間上限 | 通算5年（特例6年） | 上限なし |
| 家族帯同 | 原則不可 | 配偶者・子の帯同可 |
| 永住申請 | 困難 | 可能 |
| 支援計画 | 必要 | 不要 |
2号試験不合格時の6年延長特例
2025年9月の改訂で新設された特例として、特定技能2号試験で合格基準点の8割以上の得点を取得した不合格者は、通算在留期間を最大6年まで延長できます。この特例を利用するには、以下の要件をすべて満たす必要があります。
- 再受験の誓約書を提出し、次回試験の受験計画を明示すること
- 合格した場合は速やかに特定技能2号への在留資格変更申請を行う誓約
- 企業が当該外国人の2号試験合格に向けた研修・指導体制を有していること
- 企業が引き続き当該外国人を雇用する意思があること
この特例により、企業が時間とコストをかけて育成した人材が、試験に惜しくも不合格となった場合でも日本での就労を継続できるようになりました。実務的には、2号試験の受験準備を外国人任せにせず、企業側が計画的に研修時間の確保や教材費の補助を行うことが合格率向上の鍵です。2号移行を戦略的に進める企業にとって重要な安全網となる制度です。
まとめ｜3年在留期間を活用するための企業のアクションプラン
特定技能1号の在留期間3年化は、企業の外国人雇用管理に大きな変革をもたらす制度改正です。このメリットを最大限に活かすためのアクションプランをまとめます。
今すぐ実施すべき3つのアクション
- 雇用契約期間の見直し：3年以上の雇用契約期間に設定し、活動予定期間も3年以上に整えましょう。1年更新の雇用契約のままでは3年の在留期間が認められにくくなります
- 納税・社会保険の完全管理：外国人本人の住民税・社会保険料の納付状況を確認し、滞納があれば即座に解消しましょう。これが3年取得の最重要条件です
- 年次定期届出の確実な実施：2025年4月から始まった年次定期届出を確実に提出してください。届出未提出は3年在留期間の不許可要因となります
中長期的に検討すべきこと
- 特定技能2号への移行計画：1号の5年間で2号試験合格を目指すキャリアパスを外国人と共有し、研修体制を整備しましょう
- 行政書士との顧問契約：更新回数は減りますが、年次定期届出や制度変更への対応を含めた継続的な顧問契約が効率的です。在留期間更新の手続き費用だけでなく、日常的な相談や突発的な制度変更への対応も含めて考えると、顧問契約のコストパフォーマンスは高くなります
在留期間3年化を活用できるかどうかは、企業の準備次第です。雇用契約期間・納税管理・定期届出の3点を確実に整備し、行政書士と連携して制度改正の最新情報をキャッチアップすることが成功の鍵となります。特定技能外国人の在留期間更新や制度変更への対応でお困りの際は、ぜひ当事務所にご相談ください。専門の行政書士が、最適な在留期間取得戦略と更新手続きを全力でサポートいたします。
